『セカンドスクールだからこそ、できること』を常に意識しながら多彩なプログラムを実施しています。
（すべてのプログラムは強制ではありません）
学習プログラム
生徒は年齢も様々であり、学習の進行度も各自によって異なる為、一斉授業形式ではなく、中期及び直近の学習目標を各自で設定。教科書やテキスト、各種資料を用いて学習しています。
支援員は生徒が取り掛かっている項目を常に確認し、口頭や図解で補足していきますが、とりわけ項目の理解や学業に対してモチベーションを上げるアプローチを大切にしています。
また、支援員は当日の達成度を記録していきますので、期間を区切って学習の進行度など期間評価の実施・記録が可能です。
学習はプログラム時間+個別学習で週平均15～18時間、またはそれ以上となります。（個人差があります）
その他、進学時期の生徒に対しては進路相談や進学に関するすべての手続き支援、試験等引率もしています。
（上記すべては生徒が在学している学校様との綿密なご相談・調整のもと行っております。）
運動プログラム
入寮した際に運動不足の生徒も多いため、運動プログラムはとても重要な位置付けです。「気力は体力から」とも云われる通り、基礎体力がついていないことには復学や進学・就労も十分に進められません。サッカーや走り込み、ストレッチ、筋トレ等のメニューをこなしながら、将来のための体力作りをしていきます。
長期引きこもり等で極端に筋力不足の場合は無理しないメニューで徐々に体を慣らしていきます。
プログラムは週に約10時間実施。スポーツイベントも毎月開催。
音楽プログラム
DIYで作った自分のウクレレで課題曲や自由曲の練習をしたり、音楽室で色々な楽器や歌の練習をして、ミュージックフェスで発表するところまで全体が音楽プログラムです。（広義にはウクレレDIYも含みます）
ウクレレDIY
ウクレレは、その大きさや演奏の容易さから敷居がとても低く、音楽や演奏が苦手でも比較的馴染みやすい楽器です。
入寮した生徒は、プログラムとして自分用のウクレレをデザインして塗装・部品取付して完成させます。弦やチューニングペグを交換して自分好みに仕上げている生徒も多いです。中にはサドルやナットを削って寸法合わせして交換してしまう子や、１個目を暫く使った後に2個目を新たに作ってしまう子もいます。
木工作業
居室ドアのネームプレートのような小さなものからイス・棚などの家具作り、果てはウッドデッキ敷設やテラス工事（ちょっとした建築現場並みの工数です）まで豊富な電動工具を駆使してモノづくりをしています。
ボランティア活動
地域のごみ拾いから介護施設でのお手伝い、時には遠隔地での災害復旧まで色々なことをしています。
（災害復旧はがれきのかき出しなど大変な作業となるため選抜チームを編成します）
農業プログラム
入寮前の不登校、自宅ひきこもり、過度の運動不足といった比較的深刻な生活習慣の問題を解消する為、農業プログラムは非常に重要な位置付けです。
そのため、当校では提携している複数の専業農家様と協力しながら、畑の整備から収穫までを一貫して携わります。
農作業を通して外の空気に触れ、太陽を浴び、チームワークの楽しさや自分の役割を理解する。
自分が手を掛けた作物が目の前で結実することで、日々の努力を成果として実感することができ、大きな自信へとつながっていきます。
生活習慣指導
入寮生徒の中には起床～就寝迄の時間管理や食事・入浴等の基本的生活習慣が破綻しているケースがあるため、その改善に力を入れています。
定時起床、ラジオ体操、朝食調理の補助、配膳、食後の洗い物、館内掃除、各自の衣類洗濯まで、毎日スケジュールが組まれており、支援員のもとで必要な事は時間通りに欠かさず行うことを習慣化。
ラジオ体操参加や各食の摂食、掃除、就寝状況等をチェック・記録することで、達成度判断の目安としています。
専門家によるグループワークと個別カウンセリング
本校在籍カウンセラーにより、120分程度のグループワークを週1～2回実施。毎回テーマを設定し、コミュニケーション能力上達や社会性の獲得に向けて、生徒全員でアイデアを出し合い、実演しています。
結果発表も行うことで評価や反省点も見えるようになっています。
毎月のイベント
セカンドスクールでは生徒が主体となって多数のイベントを実施しています。ただ楽しいものにするのではなく、生徒が役割（企画・実行委員・司会進行等）を持ち、イベント前の準備からイベント後の片付けまですべてに関わることで、生徒自身が責任を持って作り上げることを方針としています。主なイベントは下記の通りです。
・ミュージックフェス（毎月開催）
ウクレレ演奏や弾き語り、バンド演奏等の発表会です。課題曲の他、好きな曲を自由に発表でき、バンドでは好きな楽器を担当します。目覚ましい上達に毎回驚きますが、特に上手下手を競っているわけではありません。定期的に人前で楽器演奏や歌を披露することで、場慣れや自分に自信をつける貴重な機会となります。休憩時の昼食はハンバーガーやバーベキュー等、普段の食事とは違うものを出して場を一層盛り上げます。
・スポーツイベント（毎月開催）
近隣のアリーナやフットサル場等でサッカーやバスケット、バレーボール、バドミントン、卓球等を主にトーナメント型式で実施しています。勝敗重視ではなくチームワークに重きを置いています。不得意だとしてもとりあえず自分のできる範囲で頑張ってみること、スタッフはその様子をしっかりと見ています。他にマラソン大会等があります。
・食イベント（毎月開催）
ケーキやデザート類、たこ焼き・餃子・タコス等を生徒達が自分で作ります。デザインや具材はお好みで。たまに失敗して黒焦げになったりもしますが、生徒には大人気のイベントです。流しそうめんやバーベキュー大会もあります。
他にもお花見やクリスマス会といった季節イベント、外部イベントへの出演、社会科見学等を企画・実施しています。日常とは違う何かを感じ取り、それを自分のものにして持って帰れるようにできれば良いですね。
自立支援や就労支援を目的としたプログラム
生徒各自の個性や状況に合わせて、自立や就労プログラムを準備・実施しており、自動車免許取得等の手続きやサポート、調理実習や企業への就職試験で発生する面接のシミュレーション。
就職後に業務として想定されるパソコンの基本的知識などを柱として行っています。